Процесс гаструляции начинается в задней части бластодиска, где образуется небольшой вырез – краевая зарубка. Краевая зарубка соответствует бластопору зародышей
ланцетника и амфибии. Через краевую зарубку происходит подворачивание материала энтодермы и мезодермы, и образуется два зародышевых листка: внутренний – энтодерма и наружный – эктодерма.
Средняя часть краевой зарубки отображает спинную губу, а боковые ее части – боковые губы бластопора. Полость впячивания, которая находится между желтком и энтодермой, соответствует полости первичной кишки (гастроцели). Энтодерма содержит клеточный материал хорды, а по бокам материал мезодермы. В дальнейшем все три
зародышевых листка переходят в одноименные листки внезародышевой бластодермы.